Główna bohaterka Anna jest artystycznie uzdolnioną sierotą. Przez to, że ma astmę, jej przybrani rodzice wysyłają ją na wieś do krewnych, Setsu i Kiyomasy. Pewnego dnia dziewczynka wchodzi do tajemniczego starego domu, a tam spotyka tajemniczą Marnie – dziewczynę mającą nie mniej sekretów niż Anna.