Film pełnometrażowy wieńczący serial. Akcja rozgrywa się rok po poprzednich wydarzeniach. Po przejściu przez żmudną drogę przez wiele linii światam z powodu wynalezienia d-maila wysyłanego w przeszłość, Rintarou Okabe przypuszczalnie wylądował w Bramie Steina – linii świata, w której żaden z jego przyjaciół nie będzie musiał ginąć, a przyszłość rządzona przez SERN przez wynalezienie maszyny czasu już nie istnieje. Jednak Rintarou zaczyna odczuwać skutki uboczne swojej nieustannej podróży przez linie świata, które nagle narastają i porywają Rintarou z egzystencji. Tylko Kurisu Makise, dziewczyna, którą uratował, pamięta go przez déjà vu. Teraz Kurisu musi znaleźć sposób, żeby sprowadzić Rintarou z powrotem.